Chevigny, anciennement Caviniacum villa, Cheveigney, Chavaigney... avait une église dans le passé. Mais, depuis quand ?
C'est au début du IXème siècle que le nom de Chevigny, et de son église, apparaît pour la première fois dans le livre de Solange de Montenay « L'abbaye Bénédictine Saint-Pierre de Bèze ».
D'après une note manuscrite du dernier curé de Bèze avant la Révolution, ce serait en 826 ou 827 que l'infirmier du monastère devint collateur de l'église. Cela peut paraître surprenant à cette époque, les officiers claustraux n'ayant pas alors de revenus en propre. On doit donc supposer que ce fut une dérogation exceptionnelle, car le texte est formel : « Les Bénédictins se disant nominateurs ou plutôt donnant cette nomination à leur infirmier à cause de certain droit qu'il avait jadis sur les oblations faites tant à l'église du dit Bèze qu'en celles de Bourberain et Chevigny, appelé droit de Patronage à luy cédé par le Sr Abbé sous Eugène second pour subvenir aux frais de l'infirmerie ».
Or, Eugène II fut pape de 824 à 827. Ce serait donc à l'installation de l'Abbé Séraphin (abbé de Bèze de 826 à 840) que la prérogative, jusque là détenue par ses prédécesseurs (et incluant bien l'église de Chevigny), fut cédée à l'infirmier du monastère.
Plus tard, en 1272, un jeune damoiseau comtois, Jean de Rans, met à sac les villages de Chevigny et Noiron et brutalise les habitants. Il force même les portes de l'église de Chevigny, s'empare du calice et du missel, ce qui lui vaut une sentence d'excommunication prononcée par l'official de Besançon, en mars 1272, pour violence, vols et sacrilège.
En 1587, dans le cadre des guerres de la Ligue, le village est dévasté. Les quinze cents lansquenets, qui avaient ravagé Bèze et ses environs, y séjournèrent cinq jours. Après leur passage, c'est le néant, la terre rase. Sans précision sur l'église, on peut supposer qu'elle aussi a dû souffrir de cette guerre.
Il en est de même lors de la guerre de Trente ans où les troupes de Gallas, en 1636, ont dévasté la vallée de la Vingeanne, ainsi que Chevigny, lors de leur retraite en novembre.
Après la Révolution, lors de la refonte des cantons en 1801, Bèze est rattaché au canton de Mirebeau-sur-Bèze et Chevigny devient alors un hameau de Bèze. En 1849, la chapelle en ruine de Chevigny-lès-Bèze est entièrement reconstruite par Jean Sirodot, entrepreneur à Bèze, sur décision de la commune.
Actuellement, par manque de prêtres, les offices se font au chef-lieu de canton (plus rarement à Bèze). Exceptionnellement, des messes de Saint-Hubert ont eu lieu à Chevigny au début du XXIème siècle, avec bénédiction des chasseurs et des chiens .
La chapelle est toujours bien entretenue et fleurie par les paroissiens. Sobre et élégante, elle peut recevoir 70 à 80 personnes assises. Des pierres sculptées de l'ancienne église, visibles par-ci, par-là dans les murs des constructions voisines, attestent de la qualité architecturale de l'ancien sanctuaire.
