En haut de la promenade de la source, un chemin dit « des grottes » conduit à l'entrée de celles-ci.
Une première grotte, dite « de la Crétane » est connue depuis la nuit des temps. Cette immense salle de 40 mètres de longueur sur huit mètres de largeur, avec une hauteur moyenne de trois mètres aurait été utilisée par les habitants en 1870, ainsi qu'au cours d'invasions, pour s'y réfugier ou y déposer ce qu'ils avaient de plus précieux et en reboucher l'entrée, à l'époque très petite et noyée sous la végétation.
La seconde grotte prend naissance au fond « de la Crétane » et a été découverte en septembre 1950 par des membres du « Spéléo-Club de Dijon » aidé d'un habitant du bourg. C'est une cavité dite « mouillée », occupée par la rivière souterraine donnant naissance à la Bèze.
À la suite de cette découverte exceptionnelle et en accord avec monsieur Robert Décailloz, maire, les travaux d'aménagement ont continué pour rendre cette deuxième grotte visitable. Le 1er juillet 1951, la première partie des découvertes a fait l'objet d'une visite officielle, en présence du préfet de la Côte d'Or, des personnalités de la commune, du chanoine Kir, député-maire de Dijon et ancien curé de Bèze, et des spéléologues l'ayant rendue visitable. La fanfare de Mirebeau et la clique de Selongey ont assuré la partie musicale de cette visite.
Une quinzaine d'années plus tard, monsieur Robert Poinsot maire de Bèze et monsieur Michel Feuchot, secrétaire de mairie et instituteur, après plusieurs visites de la rivière souterraine accompagnés du Docteur Castin, président du Spéléo-Club, comprennent tout l'intérêt d'une exploitation des grottes.
Finalement, l'ensemble grottes-rivière souterraine, propriété de la commune, est ouvert au public au printemps de 1972. La partie occupée par la rivière se visite en barque sur plus de 300 mètres. L'ensemble est guidé et commenté. Le « Chalet des grottes », installé spécialement à proximité, permet la prise des billets de visite et l'achat de souvenirs et de boissons diverses.
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