Les paroissiens, avec l'aide des premiers moines de Bèze, au VIIème s.,
ont vraisemblablement construit une chapelle à leur usage, en la mettant sous le vocable de Saint-Remi comme le voulait l'usage Franc, qui devint une église lorsque la population s'accrut.
En 826 l'infirmier du monastère devint collateur de l'église paroissiale, en bénéfice ecclésiastique comportant le droit de patronage et de nomination du curé.
À la suite de la destruction du village et de l'abbaye par les Hongrois en 936, les abbés Guillaume de Volpiano puis Étienne de Joinville ont, en un peu plus d'un siècle, reconstruit et fait de l'ensemble le centre opulent de la région.
Au début du XIIème s. l'église, tombant en ruine, est entièrement reconstruite, puis consacrée en 1119 par Joceran de Briançon, évêque de Langres.
En 1198, un incendie accidentel ravage l'abbaye et le bourg. L'église Saint-Remi est reconstruite en 1209 par les moines, en style gothique, grande et belle, à trois nefs. Le clocher s'élève au-dessus de la voûte du transept qui culmine à 61 pieds 6 pouces du sol (19,98m), surmonté d'une lanterne aménagée en tour de guet. Au transept, deux chapelles. L'abside est à sept pans avec, à l'extérieur, une galerie de circulation passant à travers les contreforts pour relier entre elles les deux tribunes du transept.
En 1636, lors du passage sanglant des troupes de Gallas, l'église est incendiée.
La destruction, partant du portail, intéresse les trois nefs jusqu'au transept. En 1698, la tour menaçant de s'effondrer, l'église est interdite au culte. Les célébrations religieuses se déroulent alors à la chapelle Saint-Prudent.
En 1767, le curé Guelaud décide, avec les paroissiens, de la reconstruction de l'église. Les moines prennent en charge le chœur et la tour, le transept du XIIIème s. étant conservé. La tour, par prudence, est réduite en hauteur et la voûte au transept, abaissée, n'est plus qu'à 14,60m du sol au lieu de 19,98m. . Le chevet est réduit pour le passage de la route Dijon-Gray en construction et le cimetière déplacé à la périphérie du bourg. L'église est méconnaissable, les collatéraux ont disparu, une seule travée est conservée devant le transept suivie d'une nef unique.
L'église est consacrée le 30 octobre 1770 par Jean Arnaux, doyen de Bèze.
Au fil du XIXème s. l'église s'aménage (bancs, tableaux, vitraux, chemin de croix, horloge...).
La fin du XXème s. voit la réfection des toitures, l'installation d'un système de chauffage et la restauration extérieure et intérieure de l'église grâce aux actions conjuguées de la municipalité et des associations locales, notamment « la Saint-Rémi » et « l'A.B.R.I.É. » (Association Bézoise pour la Restauration Intérieure de l'Église).
Par miracle, de belles statues des XVème et XVIème s. sont toujours là, ayant traversé le cyclone révolutionnaire qui s'acharnait à les mutiler. L'horloge a été restaurée en 2016.
